战略定位：长沙农业现代化所是中国科学院设立在我国南方地区以区域农业生态研究为方向的社会公益型研究机构。研究所以南方红壤丘陵区域和长江中游平原为重点地域，开展区域农业生态系统结构、过程与调控技术研究，为促进区域农业可持续发展与农业生态系统优化管理提供科学依据与技术支撑。同时作为拟议中“长江一线基地”的重要组成部分，积极参与长江中游区域环境变化与生态安全保障体系建设、关键技术与流域农业可持续发展格局研究。 
　　通过5到10年的努力，建成国内一流的南方区域农业生态科学研究、农业高新技术产业创新示范中心。 

　　创新目标：根据国家21世纪农业行动计划与生态环境建设规划实施的战略需求，以提高区域农业生态系统持续生产力及其调控能力为核心，建立并发展区域农业生态系统生态学的理论与技术体系。 

强化桃源农业生态系统实验站长期定位试验与丘陵、湖区农业可持续发展实验区建设，提供不同类型农业发展模式与示范样板。 

　　依托地处长沙（国家）高新技术开发区马坡岭农业高科技园的区位优势，进行区域生态农业关键技术创新和技术集成，形成具有独立知识产权的农业高新技术产业，成为中国科学院南方农业高新技术中试基地与集成展示窗口。